De acuerdo a la complejidad de la malformación van desde problemas físicos menores a incapacidades físicas y mentales graves. Aún así, estadísticamente la mayoría de las personas con disrafismo espinal, tienden a tener una inteligencia normal o vida con limitaciones menores. Generalmente todos los nervios ubicados por debajo de la malformación están afectados. Tomando en cuenta este punto, si la malformación es más superior en la columna vertebral y médula (torácica o cervical), mayor será la cantidad de daño nervioso y la pérdida de función muscular y de sensibilidad.
Además de la pérdida de sensibilidad y de la parálisis, otra complicación neurológica asociada con la espina bífida es la malformación de Arnold Chiari II, una afección rara (pero común en los niños con mielomeningocele) en la cual el tallo cerebral y el cerebelo o porción posterior del cerebro, sobresalen hacia abajo en el canal espinal en el área del cuello. Esta afección puede llevar a la compresión de la médula espinal y causar una variedad de síntomas, tales como dificultades para alimentarse, tragar y respirar; ahogo y rigidez de los brazos.
La malformación de Chiari II también puede presentarse como resultado el bloqueo del líquido cefalorraquídeo, causando hidrocefalia (acumulo de líquido en cavidades cerebrales, que comprime el cerebro hacia el cráneo), siendo necesaria la realización de una derivación ventriculoperitoneal, que es en manera práctica, un tubo hueco con una válvula que conecta las cavidades cerebrales (ventrículos) con el abdomen, para desviar el exceso de líquido.
Una de las complicaciones más temidas es la meningitis, una infección de las capas de recubrimiento del cerebro que sucede al faltar la cobertura de la piel que protege a la médula espinal y sus raíces, accediendo bacterias y otros gérmenes desde este punto hasta porciones superiores. La meningitis puede causar lesión cerebral y puede poner en riesgo la vida.
Los niños con mielomeningocele e hidrocefalia pueden tener problemas de aprendizaje, como dificultad para prestar atención, problemas con el lenguaje y compresión de la lectura y dificultad para aprender matemáticas.
Otras complicaciones agregadas, son alergias al látex, problemas de la piel, afecciones gastro-intestinales y depresión a medida que crecen los niños con espina bífida.
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